Ninjutsu (deutsch: Ninjatechniken) ist eine vage Bezeichnung für jede Technik, die Chakra benötigt. Ninjutsu ermöglichen dem Anwender, etwas Übernatürliches zu tun. Im Gegensatz zu den Genjutsu, welche den Gegner Illusionen sehen lassen, sind dies reale Auswirkungen. Ninjutsu benötigt Chakra und fast immer Fingerzeichen. Jedes Zeichen zeigt ein anderes Tier. Die Hände werden in verschiedenen Positionen eingesetzt und es können dabei sehr viele unterschiedliche Ninjutsu entstehen. Darüber hinaus können verschiedene Ninja bestimmte Elemente einsetzen. Die fünf Haupt-Elemente sind Doton (Erde), Katon (Feuer), Raiton (Blitz), Suiton (Wasser) un Füton (Wind).